Более 20 лет Толганай Ботаканова работала на руководящих должностях в государственных органах Казахстана.
В разные годы она была заместителем председателя Налогового комитета Министерства финансов Республики Казахстан, а также заведующей сектором в Администрации Президента. До перехода в государственные органы она работала в банковском секторе.

С 2016 года г-жа Ботаканова занимала руководящие должности в частных исследовательских и финансовых компаниях.